本課程分為四個單元: 第一單元從介紹各主要藻類群的形態、特徵等為入門，包括十二個藻門，進而介紹藻類演化:如何由原核藻進化到真核藻，真核藻類之演化與各藻群間之種系關係、藻類多樣性等；第二個單元介紹藻類的生理、生化，包括藻類之光合作用、耐鹽性、逆境生理、固氮作用、代謝生理等；第三單元介紹藻類生態，包括藻類在自然界之角色、優養化作用、季節性、污染生物學、生物指標、藻類毒素、藻類與水資源；第四單元介紹藻類生物技術，包括藻類養殖、健康食品、生物能源、醫藥及活性物質、藻類分子生物應用等。